La Fiscalización, Control y Vigilancia en FEDEPOPULARES se refiere a las acciones de seguimiento, vigilancia y evaluación del cumplimiento de sus funciones, políticas y recursos, tanto por parte de sus órganos internos como por la Alcaldía Mayor de Bogotá D.C., como también de entidades externas para asegurar la buena gobernanza, la transparencia y el cumplimiento de sus objetivos.
Control y fiscalización de recursos públicos. El control y la fiscalización de los recursos de origen público que administre la FEDEPOPULARES por virtud de contrato con entidades estatales, o sobre bienes parafiscales, se ejercerán por los organismos competentes, en los términos y formas previstos legal, contractual y estatutariamente. Además, la Contraloría General de la República, ejerce el control fiscal sobre los recursos públicos administrados y ejecutados por FEDEPOPULARES.
Fiscalización del patrimonio. Para la fiscalización de su propio patrimonio, FEDEPOPULARES tendrá una Revisoría Fiscal, ejercida por Contador Público adscrito a una empresa privada especializada en la materia.
FEDEPOPULARES cuenta con un Código de Ética y Buenas Prácticas de Economías Populares que establece los principios que rigen su actuación, y un Comité de Ética encargado de su seguimiento y vigilancia.